Tugas Teknologi Informasi "Aquaculture Bioinformatic"

MICROARRY  ANALYSES OF SHRIMP IMMUNE RESPONSES

Akuakultur udang adalah salah satu food producing utama industri di dunia. Ada beberapa masalah yang ada saat ini yaitu termasuk digunakan dan faktor lingkungan. Tingkat masalah dalam sistem kekebalan tubuh udang ditingkat molekuler mulai dipahami. Peninjauan respon udanguntuk beberapa masalah ini menggunakan high-throughput, analisis microrary, termasuk virus sindrom bercak putih, kepala kuning, Vibrio spp, peptidoglikan, oxytetracycline dan asam oxolinic.

            Udang EST memberikan pengamatan pertama untuk menggambarkan ekspresi diferensial host pada transkripsi tingkat kondisi percobaan yang berbeda. Karena
seluruh genom udang belum diselesaikan, besar koleksi EST udang berharga tidak hanya untuk gen identifikasi, tetapi juga untuk mikroarray cDNA. Mikroarray telah digunakan untuk menyelidiki ekspresi gen oleh virus sindrom titik putih (WSSV), yang menyebabkan kerusakan ekonomi yang besar untuk budidaya udang industri di seluruh dunia. Profil ekspresi gen global virus telah diperiksa selama tiga virus sindrom bercak putih
strain (WSSV-Taiwan, WSSV-Thailand, dan WSSVChina) P. monodon eksperimental dari terinfeksi dan lobster (Cambarus clarkia). Dengan menggunakan DNA virus microarray data base yang diperoleh dari berbagai perlakuan eksperimen, beberapa sifat tertentu WSSV telah ditandai termasuk latency-gen terkait, segera-awal gen, promotor motif putatif, dan yang paling sangat diekspresikan gen virus. Selain penyakit virus, penyakit bakteri seperti vibriosis juga menjadi perhatian dari udang budidaya industri. Vibriosis menyebabkan mortalitas yang tinggi dan serius ekonomi kerusakan di kedua pembenihan udang dan tumbuh-out kolam. Para agen penyebab utama vibriosis adalah Vibrio spp, termasuk Vibrio campbellii, V. anguillarum, Vibrio. harveyi, Vibrio alginolyticus, dan Vibrio parahaemolyticus (Lightner 1988; Saulnier et al, 2000).

.Antibiotik, biologis atau zat yang diproduksi secara sintetik bahwa aktivitas antagonis terhadap mikroorganisme layar, digunakan dalam budidaya udang baik untuk terapi dan tujuan profilaksis (Tendencia dan Peña 2001). Dua dari antibiotik yang paling umum digunakan dalam udang oxytetracycline dan oxolinic asam. Oxytetracycline (OTC) adalah
antibiotik spektrum luas yang aktif terhadap berbagai macam spesies termasuk bakteri Gram-negatif dan Grampositive aerobik dan anaerobik bakteri dan mungkin salah satu dari terapi yang paling banyak digunakan dalam akuakultur karena efektivitas keselamatan, relatif, tingkat rendah akumulasi dalam jaringan dapat dimakan, dan waktu jaringan eliminasi pendek (Bray et al. 2006).

OTC juga merupakan salah satu dari empat hanya antimikroba agen disetujui oleh US Food and Drug Administration untuk digunakan dalam makanan ikan dan hanya satu obat tersebut disetujui untuk digunakan dalam invertebrata (Nolan dkk. 2007). Hal ini digunakan dalam pengobatan penyakit bakteri berbagai hewan air dan di peternakan-dibangkitkan udang seperti vibriosis dan nekrosis hepatopancreatitis infeksi (Reed et al. 2004). Pada sisi lain, asam oxolinic (OA), kuinolon, adalah antibiotik efektif terhadap berbagai bakteri Gram-negatif dan terutama bekerja dengan menghambat sintesis bakteri DNA (Pianotti et al. 1968). Hal ini terutama digunakan pada udang pertanian di Asia terutama sebagai pengobatan terhadap vibriosis (Gräslund dan Bengtssona 2001; Tendencia dan Peña 2001; Uno 2004).
Organ limfoid udang dilaporkan menjadi situs utama akumulasi bakteri dan bacteriostasis (Burgents et al. 2005; van de Braak et al. 2002) dan salah satu organ yang berperan dalam penghapusan partikel virus dan lainnya agen infeksius (Hasson et al, 1999;. Duangsuwan et al. 2008).

Microarray telah menjadi alat yang efektif dalam menjelaskan dan memahami mekanisme respon udang terhadap virus dan bakteri infeksi, pengobatan antibiotik, dan bahkan stres lingkungan pada tingkat molekuler. Oleh karena itu jelas bahwa teknik ini akan menjadi alat yang sangat diperlukan dalam penelitian udang di kedua masa depan jangka pendek dan jangka panjang dan harus mengungkapkan informasi terobosan yang dapat menyebabkan untuk aplikasi baru untuk pembangunan berkelanjutan udang budaya dan industri udang pada umumnya.

Lihat selengkapnya klik disini  Http://www.spingerlink.com/content/33mlg23182612j3m/