BIOINFORMATIKA DI BIDANG AKUAKULTUR

SKRINING INDUK UDANG WINDU DENGAN ANALISIS PCR DALAM RANGKA MENUNJANG PROGRAM NSBC

I.              Pendahuluan

Udang merupakan primadona dari sektor perikanan dan sebagai penyumbang devisa terbesar dari sektor non migas, sehingga banyak dibukanya lahan untuk pertambakan tanpa memperhatikan daya dukung lahan. Dampaknya semakin banyak menurunnya kualitas lingkungan yang sangat berpengaruh terhadap hewan kultivan yang dipelihara maka semakin banyak penyakit yang mengiringinya.

Penyakit yang banyak menyerang pertambakan udang adalah penyakit bercak putih viral ( White Spote Syndrome Virus, WSSV ) yang sampai saat ini belum ada pengobatannya. Cara untuk mengatasi brkembangnya penyakit bercak putih adalah dengan memutuskan sikilus hidup dari virus tersebut dan menerapkan budidaya udang dengan siste tertutup serta menggunakan benih bebas virus/kategori Spesifik Pathogen Free (SPF).

Untuk mendapatkan benih jenis SPF bisa dengan cara skrining dimulai dari induknya. Skrining adalah suatu metode untuk mendapatkan induk yang sehat yang akan dipisahkan dari yang sakit untuk mencegah kemungkinan masuknya penyakit melalui kontaminan induknya dari daerah lain. Tujuan ini adalah untuk mendapatkan induk bebas virus bercak putih.

II.           ISI

Sampel yang digunakan untuk uji coba ini adalah udang windu yang diambil hemolife. Analisis untuk menggunakan metode nested PCR yang meliputi beberapa tahapan, yaiatu ;

1.    Preparasi DNA menggunakab metode fenol.

2.    Preparasi untuk aplikasi PCR menggunakan metode LO at al.

3.    Elektroforesis

Hasil positif ; apabila terdapat perpendaran pita dengan ukuran 1.447 bp dan 941 bp. Hasil negatif pabila tidak terdapat perpandaran pita dengan ukuran 1.447 bp dan 941 bp.

III.        Kesimpulan

Prosedur skrining induk udang windu dengan analisis PCR memberikan hasil yang akurat dan cepat untuk menetukan kesehatan induk yang bebas dari infeksi WSSV.

Lihat selengkapnya disini  http://isjd.pdii.lipi.go.id/admin/jurnal/71084652.pdf

Sistem Informasi Geografis

 http://isjd.pdii.lipi.go.id/admin/jurnal/18308217226.pdf

Hasil Resum dari jurnal Aplikasi Sistem Informasi Geografis Untuk Studi Kesesuain Budidaya Ikan Kerapu Dalam Keramba Jaring Apung Di Perairan Pulau Kambuno Kepulaun Sambilan Kabupaten Sijai :

         Untuk melindungi keberlanjutan dan ketersediaan ikan, maka diperlukan usaha budidaya ikan berupa penggunaan keramba jaring apung (KJA) sebagai wadah pemeliharaan. Kesesuaian perairan untuk penempatan keramba perlu melalui study lapangan dan laboratorium. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui lokasi yang sesuai untuk penempatan keramba jaring apung (KJA) untuk budidaya ikan kerapu dengan mengaplikasikan Sistem Informasi Grografis. 
           Langkah-langkah analisis data dengan Sistem Informasi Geografis adalah
1. Melakukan digitasi terhadap hasil scanning peta bumi rupa indonesia wilayah Sinjai dan sekitarnya.
2. Melakukan Interpolasi terhadap parameter fisika dan kimia.
3. Melakukan Topologi yakni penyusunan atau pemasukan semua data atribut berupa data kriteria, nilai  skor dan tingkat kesesuaian masing-masing parameter yang ada.
4. Melakukan pemodelan yang meliputi overlay dengan perintah union terhadap
peta tematik yang sudah dalam bentuk data spasial dan lengkap dengan data atributnya.
5.  Melakukan skoring dengan menghitung skor untuk masing-masing parameter kemudian melakukan evaluasi kesesuaian penempatan KJA untuk budidaya ikan.
6. Melakukan penyatuan terhadap nilai atribut yang sama di dalam theme objek yang sama.
7. Menampilkan hasil analisis terhadap kesesuaian lokasi dalam bentuk peta dengan mengikuti kaidah katografi.
        Bedasarkan hasil analisis spasial (overlay) melalui menu groprocessing maka diperoleh peta baru yakni peta kesesuaian lokasi untuk penempatan KJA. Dari hasil penelitian menunjukan bahwa sebagian besar pulau kambuno tergolong dalam kelas cukup sesuai. Hal yang menjadi faktor pembatas dalam penentuan penempatan lokasi budidaya ikan kerapu dalam KJA adalah gelombang. Adapun parameter lain seperti fosfat dan nitrat juga menjadi parameter pembatas, tetapi parameter tersebut tidak besar pengaruhnya karena parameter tersebut dapat berubah setiap saat.
      Perairan pulau Kambuno dapat dijadikan lokasi budidaya ikan Kerapu dalam Karamba Jaring Apung dengan tingkat kesesuain yang berbeda-beda.