NCBI (National Center of Biotechnology Information)

Pengantar Sel-sel penyusun tubuh organisme tidak semuanya sama, melainkan memiliki variasi yang tinggi sesuai dengan fungsi yang diperankannya meskipun kandungan genomiknya sama. Adanya variasi tersebut disebabkan karena adanya perbedaan pola ketersediaan protein pada masing-masing sel, atau dengan kata lain disebabkan karena perbedaan pola ekspresi gen.Ekspresi gen pada dasarnya merupakan suatu proses sintesis protein. Proses ekspresi gen ini ditentukan oleh sel itu sendiri. Jika sel tersebut membutuhkan suatu protein maka gen tertentu akan diekspresikan, namun jika sel tersebut tidak membutuhkan protein maka gen tersebut tidak diekspresikan. Jadi tidak semua gen akan diekspresikan pada saat yang bersamaan namun tergantung dari kebutuhan sel tersebut. Semakin berkembangnya jaman, sekarang ini kita dapat dengan mudah mengetahui segala informasi tentang ekspresi gen dengan menggunaka nsebuah server yang bernama NCBI (National Center of Biotechnology Information), di mana di dalam NCBI dapat kita ketahui tentang informasi kesehatan dan bioteknologi. Data base terus menerus di update sesuai dengan penemuan-penemuan terkini yang menyangkut DNA, protein, senyawa aktif dan taksonomi. NCBI merupakan salah satu bank data gen, protein dan literature khususnya dibidang kesehatan yang terlengkap dan diacu oleh para peneliti di dunia. Tujuan Tujuan dari pembuatan artikel ini adalah untuk mempermudah pembaca dalam memahami dan mengakses NCBI. Isi NCBI (National Center Of Biotechnology Information) merupakan Suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI mempunyai keunggulan yaitu, membuat data base dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical. Dari semua keunggulan tersebut diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya. Untuk lebih spesifik lagi, NCBI menyediakan kurang lebih dua program untuk membantu dalam pencarian, yaitu BLAST (Basic Local Alligament Search Tools) dan PCR (Polimerase Chain Reaction). BLAST merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui GenBank DNA database dalam waktu singkat. Di dalam BLAST (Basic Location Alligament Search tools) terdapat 5 program utama yaitu: 1. Nucleotida blast (blastn): membandingkan suatu sekuens nukleotida yang kita miliki dengan data base sekuen nukleotida. 2. Protein blast (blastp): membandingkan suatu asam amino yang kita miliki dengan data base sekuen protein. 3. Blastx: membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan data base sekuen protein. 4. Tblastn: membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan data base sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6-frame. 5. Tblatsx: membandingkan suatu translasi 6-frame dari nukleotida. Berikut adalah langkah-langkah dalam mengakses NCBI beserta program-progamnya. >NCBI 1. Ketik http://www.ncbi.nlm.nih.gov pada location bar pencarian 2. Pilih preferensi pencarian yang digunakan dan ketik juga molekul yang ingin dicari sebagai kata kunci, kemudian Go 3. Muncul sekuens yang berkaitan dengan molekul yang dicari dan pilih sekuens sesuai kebutuhan. Sekuens dengan kode awal NM menunjukkan sekuens nukleotida, sedangkan NP menunjukkan sekuens protein. >BLAST 1. Buka halaman awal NCBI dan pilih BLAST 2. Pada tampilan BLAST, terdapat beberapa pilihan antara lain untuk nukleotida dan untuk protein (pemilihan sekuens mengikuti langkah-langkah sebelumnya). 3. Klik kolom Allign two or more sequences untuk membandingkan 2 sekuen yang berbeda. Kemudian masukkan sekuen yang dibandingkan ke dalam kolom yang tersedia. 4. Setelah sekuen dimasukkan, klik tanda BLAST pada bagian bawah >PCR 1. Buka website genbank http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ 2. Masukkan urutan DNA ke dalam kolom yang telah tersedia, pada bagian akhir klik GET PRIMER 3. Design primer juga dapat deperoleh dengan cara sebagai berikut, setelah diperoleh data nukleotida dari genbank, untuk memperoleh design primer dari sekuen nukleotida tersebut dapat dilakukan dengan memilih Analyzed This Sequence>Pick primer 4. Hasil dari pemilihan tersebut adalah halaman pengisian karakter-karakter primer yang diharapkan, kemudian pada bagian akhir pilih GET PRIMER Kesimpulan Kesimpulan yang diperoleh dari artikel di atas adalah pembaca mampu mengakses NCBI beserta program-programnya dan lebih memahami NCBI itu sendiri. Sumber http://ritariata.blogspot.com/2010/03/pengenalan-ncbi.html http://brianbio.lecture.ub.ac.id/modul-NCBI-Introduction-BLAST-3D-10-April.html